首都医科大学生物医学工程学院成立于2001年，前身是1987年成立的生物医学工程系，是全国最早开展生物医学工程专业教育的单位之一。学院现有教职工91人，其中教授10人、副教授27人；博士生导师6人，硕士生导师16人；现有本科生200人，硕士生34人，博士生19人。
首都医科大学生物医学工程学科是北京市重点学科。学科特色是“以临床工程学和康复工程学为主要内容的医学应用型工程学学科”。学科本着“帮医学研究认识深化，助医学服务水平提高”的发展理念，坚持“明确理念，优配资源，凝练特色，协调发展”的建设原则，遵循“理工科学与生物医学紧密结合，基础研究与医学实践紧密结合”的建设策略。学院是中国生物医学工程学会理事单位、中国生物医学工程学会医学物理分会的副理事长和挂靠单位、中国生物医学工程学会生物力学专业委员会委员单位、中华医学会医学工程学分会主任委员及挂靠单位、中国图像图形学会医学影像专业委员会副主任委员单位、北京生物医学工程学会副理事长单位、教育部生物医学工程、计算机、医学基础教育教学指导委员会委员单位、教育部高等医药院校现代教育技术与计算机教学指导委员会副主任委员单位、全国计算机基础教育研究会医学专业委员会主任委员和挂靠单位。
学院现有生物医学工程（听力学、医学影像设备与技术、医疗器械工程技术管理等专业方向）、假肢矫形工程两个本科专业，其中假肢矫形工程专业教育填补了国家本科教育空白。2008年生物医学工程专业获北京市品牌专业，北京市和国家特色专业称号；2009年假肢矫形工程专业获北京市特色专业称号。学院除开展专业教育以外，还承担着学校其他专业的本科、专科、研究生层次的理工类课程教学。学院具有一批高素质教师，教师个人曾被评为全国优秀教师、北京市优秀教师、北京市教学名师、北京师德先进等。学院还聘请国内外知名学者和专家作为学院客座教授和讲座教授，并依托北京“海聚”工程等项目，引进高水平海外人才来院工作。
在学科建设上，学院凝练并逐步稳定了生物医学工程二级学科方向。目前学院的优势学科为生物力学与康复工程学，其学术方向为组织器官生物力学现象与功能研究、人体康复器械工程学研究、人体生物物理现象与功能研究；重点建设学科为生物医学仪器学，其学术方向为医学仪器设计与信号处理方法研究、医学影像处理与应用研究、激光医疗仪器设计与应用研究；教育必需学科为生物医学信息学（数学、计算机），其学术方向为生物信息分析与应用研究、医学信息处理与应用研究、生物系统数学建模与仿真；特色学科为临床工程学，其学术方向为医疗仪器功能开发与应用研究、医疗设备风险与质量控制、医院信息处理系统设计与应用。
学院从早年的关幼波肝病中医专家系统、基于神经网络的嗅觉和视觉的生物控制研究到现在的医学图像处理、数字化虚拟人体研究与应用、闭角型青光眼致盲机理和颅内动脉瘤破裂风险的生物力学解释、骨科治疗技术与器械研究、生物信息学研究、血管与神经的组织工程学研究、多传感器测量系统的人体运动能量代谢、睡眠呼吸暂停机理及新治疗方法的生物力学与计算机模型、激光医疗仪器设计与应用、拉曼光谱检测技术医学应用等研究工作，以及听力学筛查与康复训练装置和适合中国国情的康复工程产品开发等研发工作均在生命过程认识和临床诊疗与康复水平提高方面做出了贡献。学院现有北京市科技创新团队一个，北京市高层次人才资助一人。2005年以来，学院先后承担欧盟合作项目2项、国家级自然科学基金19项，北京市自然科学基金11项，教育部项目2项、北京市教委项目17项，另有中科院开放课题、横向课题、校级基础临床课题、首医发展基金项目、校长基金项目等几十项，总资助额近2000万元。学院共发表SCI/EI/ISTP收录文章158篇，核心期刊文章178篇。获国家专利10项，软件著作权47项。
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