化学生物学与药学院成立于2004年2月25日。2004年3月12日揭牌。
学院在化学生物学与药学院的牌子下履行本科生和研究生教学功能，在首都医科大学药物研究所的牌子下履行新药研究功能。启动了一支队伍两种功能的运作模式。
按照现代药学的学科规范，学院设立了药物化学系、新药药理学系、药剂学系、化学生物学系、天然药物学系、临床药学系和药学实验教学中心。其中药物化学学科、新药药理学科是北京市重点学科，药剂学学科、药物分析学学科是北京市重点建设学科，药学实验教学中心是北京市实验教学示范中心。
建设一支素质好的师资队伍既是学院的近期目标，又是学院的长期目标。师资队伍建设统筹考虑人品、学术、学位、年龄和学科五个因素，按照研究教学型药学院的发展思路，学院教职员将控制在90人以内，学院现有教职员52人，其中正高级职称9人，占总人数的17.3%；副高级职称13人，占总人数的25%；博士生导师4人，占总人数的9.6%；硕士生导师15人，占总人数的28.8%；36人具有博士学位，占总人数的69.2%。
目前学院在读本科生、硕士研究生、博士研究生总计300余人，按照研究教学型学院的发展思路，我院的本科教育主要为制药企业和社会药房培养普通职员、为大学和研究院所输送硕士研究生。硕士生教育主要为制药企业培养中级职员、为大学和研究院所输送博士研究生。2011年以来，学院本科生、研究生就业率均为100%，连续三年被评为学校就业工作先进集体。
建设一流学科是创建一流化学生物学与药学院的基石。学院在学科建设中采取重点发展以优势学科带头人为支撑的优势学科、优先扶持新兴学科的学科建设策略。着力在国外知名杂志上发表学术论文及申请国家发明专利，是学院科研的主导思路。2004年至2013年获国家973项目1项，“十一五”重大新药创制子课题2项，参与“十二五”重大新药创制1项，国家自然科学基金32项，北京市自然科学基金17项，共发表国际SCI论文155篇（4篇被选为封面文章），申请发明专利249项（授权121项），获北京市科学技术进步二等奖1项。2004年至今，学院的人均科研产出一直排在学校的第1位。建立了“多肽及小分子药物”北京市重点实验室，获批建设教育部“内源式预防药物教育部工程研究中心”。
化学生物学与药学院在学校的统一规划下采用了医学+生物学+化学的办学模式，在理科性、应用性和职业性一体化的办学理念的指导下，学院以系为建制进行学科融合，按一级学科设课的宽口径培养，实施低年级学生导师制，在强调基础性、综合性、设计性和先进性的前提下，培养创新能力。使毕业生在就业竞争中处于领先位置，为今后持续发展打好基础。特色的办学理念使学院毕业生在就业竞争中处于领先位置，并为今后持续发展打好基础，多年来就业率均达100%，近一半的本科生成功考研，选择继续深造。获北京市教育教学成果二等奖1项。
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