南方医科大学继续教育学院前身为第一军医大学继续教育处，成立于1999年，2004年学校转制后，更名为继续教育学院。学院现下设四个科室，办公室、学历教育科、培训科和自考科，编制15人，主要负责继续教育、培训、毕业后医学教育、成人教育、自学考试等工作。是国家教育部培训基地、国家人社部国家级继续教育基地、国家卫计委首批专科医师规范化培训试点单位、中华医学会医学教育分会成人教育学组组长单位、广东省住院医师规范化培训考试中心，每年举办国家级和省级继续教育项目100余项。学院教学设施完备，建立了集教室、学生宿舍、会议室、培训公寓于一体的培训保障体系。