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学院办学历史较长。1985年，原西南师范大学向国家教育部申请设立法学本科专业并获得批准，成为全国师范院校中设置法学专业最早的院校之一。1987年，法学专业正式面向全国招生。1993年，原西南农业大学人文学院法学专业设立。

西南大学文化与社会发展学院前身为原西南师范大学管理学院。2005年7月两校合并，以原西南师范大学管理学院为班底，融合原西南师范大学行政学院、原西南农业大学人文学院相关专业成立文化与社会发展学院。

西南大学心理学部源起于20世纪50年代建立的原西南师范学院教育系心理学教研室，1986年建设心理学专业;1988独立为心理科学研究所;1994年改建为心理学系;2003 年学科调整，设立心理学院;

国立女子师范学院与四川省立教育学院合并为西南师范学院，两个学院的国文系随之合并为中国语言文学系，简称中文系。1952年全国高等学校进行院系调整，重庆大学中文系并入西南师范学院中文系。1956年更名为汉语言文学系。

西南大学外国语学院由建立于1950年的原西南师范大学外国语学院与原西南农业大学外国语学院整体合并而成，其前身是上个世纪40年代的国立女子师范学院英语系、原四川省立教育学院英文系和私立相辉文法学院外文系。

西南大学新闻传媒学院是西南大学百年办学历史上充满活力的年轻学院。2006年4月，应时代和学科发展之需，由原西南师范大学文学院、计算机与信息科学学院，原西南农业大学信息中心部分专业联合组建了西南大学新闻传媒学院。

西南大学音乐学院成立于1996年，其前身为1940年原国立女子师范学院音乐专修科，是我国师范院校中最早设置音乐专业的院系之一。

西南大学美术学院从创办之初到现在，学院名称经历了多次更名：1950年美术学院最初的名称为西南师范学院美工系，主要以培养美术工艺师资为目标；1952年更名为图画系,1952年招收五年制图画科；

西南大学化学化工学院是由1952年成立的西南师范学院化学系发展而来。学院下设化学、化学工程、公共化学3个系和1个实验中心。2011年1月，在黄奇帆市长的亲切关怀下，重庆化工学院落户西南大学化学化工学院。

地理科学学院于1950由原国立川东女子师范学院和四川省立教育学院相关专业合并组建，后又相继有川大、昆师、贵师部分师生并入,2005西南大学组建后正式成立地理科学学院。学院下设地理科学、人文地理与城乡规划、地理信息科学以及教师教育4个系。

西南大学计算机与信息科学学院是我校跨学科、跨专业、多门类的，以工为主，融理、工、管为一体的综合性学院。学院设有计算机科学系、软件工程系、网络工程系、自动化系、电子商务系、教育技术系、信息管理系、教师教育系……

西南大学纺织服装学院的前身是西南农业大学纺织服装学院，与蚕学与生物技术学院“两块牌子一套班子”运行，2005年4月两院开始独立运行。此前两院同为西南农业大学蚕桑丝绸学院，于1992年由丝绸工程系和蚕学系合并成立。

西南大学药学院成立于2006年4月30日，位于重庆市北碚区西南大学南区内。北纬29°49’05”、东经106°24’53”, 海拔265米。蜿蜒西去的缙云山被奔腾南流的嘉陵江拦腰折断后在这里铸造了风景秀丽、人杰地灵的“西大药谷”。

西南大学西塔学院是国家教育部认定的澳大利亚与中国合作办学的首家中外合作办学机构，是西南大学与两所顶尖澳大利亚高校同时冠名合作的本科联合培养学院。

西南大学植物保护学院，其前身是西南农学院植物保护系，始建于1952年， 2002年成为西南农业大学植物保护学院，2005年西南师范大学和西南农业大学合并后组建了西南大学植物保护学院。